İncesu İmam Hatip Lisesi Ziraat Bankası ile Ertuğrul Gazi İlkokulu arasında bulunan iki katlı şimdiki Müftülük binasında 1975-1976 öğretim yılında eğitim ve öğretime başlamıştır. 1978-1979 Eğitim-Öğretim yılında da lise kısmı açılmıştır. 1980 yılının nisan ayına kadar şimdiki müftülük binasında eğitim veren İncesu İmam Hatip Lisesi 1980 Nisan ayında Vali İhsan Aras Mah. İmam Hatip Sok. No:18 adresindeki (şu an kullanılan) devletçe yaptırılan kaloriferli 12 derslikli binasına taşınmıştır. 1994 yılında aynı plan ve proje ile Kayserili hayırsever Ali LEVENTOĞLU tarafından binanın üçüncü katı yaptırılıp derslik sayısı 18'e çıkarılmıştır. Hayırsever Ali LEVENTOĞLU aynı yıl (1994) okulun hemen yanına 100 kişilik kız öğrenci yurdu yaptırmıştır.

1996 yılında Lise kısmında 70, Ortaokul kısmında 153 öğrenci öğrenim görmekte iken, 2003-2004 Eğitim Öğretim yılından (önceki yıllarda bir hayli fazla iken ÖSYM girişte İmam Hatip Lisesi Mezunlarına uygulanan kat sayı farkı uygulamasından dolayı) itibaren öğrenci sayısında düşüş yaşanmıştır. İncesu İmam Hatip Lisesi bu haliyle eğitim öğretime devam ederken 2002-2003 eğitim öğretim yılında İncesu Lisesi ile birleştirilerek İncesu Çok Programlı Lisesi adını almıştır. İmam Hatip programı Çok Programlı Lisede uygulanmıştır. 2011 yılında İncesu Çok Programlı lisesinde mevcut dersliklerin yetersiz kalması üzerine İncesulu hayırseverler Mahir-Ayten KÖSEOĞLU tarafından 12 derslik ek bina yaptırılmıştır. 2012 Haziran ayında İncesu İmam Hatip Lisesi, İncesu Çok Programlı Lisesi'nden ayrılarak bağımsız bir İmam Hatip Lisesi olmuştur. Yeni müdür atanıncaya kadar müdürlüğüne Rasim AĞCA vekâlet etmiştir. Yeniden açılan İncesu İmam Hatip Lisesi'ne Hacı Ahmet ÇALKAP müdür olarak atanmıştır. Okula talep her eğitim öğretim yılında katlanarak artmaktadır. Okulumuz 2017-2018 Eğitim Öğretim yılında Kız ve Erkek İmam Hatip olarak ayrılmıştır. Okulumuz, Erkek İmam Hatip Lisesi olarak ayrı bir kurum olarak başka binada, İncesu Kız Anadolu İmam Hatip Lisesi eski İncesu İmam Hatip Lisesi binasında eğitim öğretime devam etmekte iken 2022-2023 eğitim öğretim yılında tekrardan birleşerek Fen ve Sosyal Bilimler Proje Okulu olarak aynı binada eğitim öğretime devam etmektedir.